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我国10个家驴种类的微卫星遗传剖析918博天堂官网

2019-02-08 22:21

  我国10个家驴种类的微卫星遗传剖析

  [摘要] 使用10对微卫星符号对我国10个家驴种类的遗传结构进行了剖析,核算了多态信息含量、遗传杂合度和有用等位基因数,得到了由Nei氏遗传间隔和规范遗传间隔为根底的NJ聚类图。成果标明:10对微卫星引物中,HTG7,HTG10,AHT4,HTG6,HMS6,HMS3 共6个位点具有高度多态性(PIC>0.5),918博天堂官网,HMS7位点具有中度多态性,其他3个微卫星座位(HMS1,HTG4和HMS5)为单态。7个多态位点在10个驴种的均匀PIC、H、E别离为0.7642、0.8072、5.9911,杂合度相对较高。各驴种间遗传变异比较大,遗传间隔根本与其地舆散布相共同。研讨成果为加强我国家驴种类种质特性研讨及维护使用供给了科学的依据。

   [关键词] 家驴;微卫星符号;遗传多态性

   我国是国际上牲畜遗传资源最丰厚的国家之一,是当之无愧的养驴大国。1998 年的资料显现,我国当年的养驴数量是955.8万头,约占国际养驴总数(4336.5万头)的22%,居第一位[1]。不行否认,跟着全球畜牧业商品经济的开展,以及现代牲畜育种理论和办法的使用,使得牲畜出产功能得到史无前例的改善。可是,在获得光辉成果的一起,牲畜遗传资源多样性也遭到严峻的要挟。19世纪80年代进行的畜禽种类资源普查成果标明:我国已有10个当地良种消失,尊龙人生就是博。8个濒临灭绝,20个数量正在削减,今日这种状况还在加重[2]。据联合国粮食与农业组织1993年核算,大约30%的牲畜种类资源处于灭绝状况。这不仅是现有资源丢掉的问题,一起也是牲畜育种资料的丢失,可能对牲畜育种带来不行意料的成果。因而维护这些牲畜遗传资源不受损坏,查清楚它们之间的亲缘联系,已是一项刻不容缓的使命。

   因为我国幅员辽阔,自然条件、生态环境、经济条件的差异,经过长时间的自然挑选和人工挑选,构成各具特色的当地家驴种类,如关中驴。它们是名贵的遗传资源财富,是进行育种改进很好的资料。而我国当地种类在分类与命名上还存在许多问题,如同种异名、同名异种等。联合国粮农组织(FAO)在其持续开展和办理动物遗传资源的战略方案中,也将微卫星作为优先引荐的剖析东西,并拟定了牲畜种类遗传间隔的全球方案[3]使用微卫星技能对动物遗传资源进行研讨,国内外有许多的相关报导。Aranguren-Mendez [4]用蛋白质座位和微卫星座位剖析了西班牙加泰隆驴的遗传变异。Jordana等[5]用微卫星符号剖析了西班牙5个濒危驴种类的遗传多态性,标明微卫星符号能够反映驴种类遗传多样性,对拟定家驴遗传资源维护方案有重要意义。在国内,吴锦淑(硕士论文,1998)对我国部分居驴的血液蛋白质座位和血清乳酸脱氢同功酶(LDH)等生化遗传符号方面做了研讨,标明关中驴、2015��3��30��ȫ����������۸�!晋南驴、庆阳驴、德州驴血缘联系密切,琼州驴和新疆驴血缘较近,云南驴与其它驴种遗传间隔相对较远,可能在与西南周边国家的互易商货交易中,遭到南亚、东南亚驴种的影响,发作遗传变异。高雪等[6]研讨了新疆驴、凉州驴、云南驴白蛋白、前白蛋白、后白蛋白、运铁蛋白、碱性磷酸酶、酯酶和乳酸脱氢酶6个座位的多态性,从血液蛋白水平上对我国 15 个当地驴种类进行了集体遗传剖析。谢芳[7]以关中驴、晋南驴、广灵驴、德州驴和华北驴为研讨目标,使用微卫星符号剖析了种类内和种类间的遗传多样性。朱文进[8]等对我国8个当地驴种遗传多样性和体系发作联系的微卫星剖析,成果标明,我国当地驴种基因多态性和遗传多样性相对较高,各驴种的分子体系发作联系与其育成史和地舆散布根本共同。

   本研讨拟用10对微卫星引物对我国10个家驴种类进行微卫星多态性剖析,以期丰厚我国家驴种类微卫星数据库,为我国家驴遗传资源的维护与使用供给科学依据。

   1资料和办法

   1.1样本

   依据我国家驴种类散布特色,共收集415份样品(全血),用ACD抗凝,快速取回放入-70℃保存。样品数及散布见表1,其间2个大型驴(关中驴、德州驴),3个中型驴(庆阳驴、泌阳驴、佳米驴),5个小型驴种类(滚沙驴、新疆驴、太行驴、西吉驴、蒙古驴)。

   表1 10个我国家驴种类散布及样品数

  

  

  

 

  

 

  

 

  

  

  

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

  

  

  

  

 

   种类

  

 

   数量

  

 

   采样地址

  

 

   种类

  

 

   数量

  

 

   采样地址

  

 

   德州驴DZ

  

 

   35

  

 

   山东省德州市

  

 

   太行驴TH

  

 

   38

  

 

   河南省林州市

  

 

   关中驴GZ

  

 

   39

  

 

   陕西省扶风县

  

 

   滚沙驴GS

  

 

   37

  

 

   陕西榆林

  

 

   庆阳驴QY

  

 

   36

  

 

   甘肃省庆阳市

  

 

   蒙古驴MG

  

 

   97

  

 

   内蒙古赤峰市

  

 

   佳米驴JM

  

 

   36

  

 

   陕西省米脂县

  

 

   新疆驴XJ

  

 

   39

  

 

   新疆伊宁市

  

 

   泌阳驴BY

  

 

   26

  

 

   河南省泌阳县

  

 

   西吉驴GY

  

 

   32

  

 

   宁夏固原

  

 

   1.2 微卫星引物

   依据文献[4, 5, 9],挑选15对特异性微卫星引物,其引物序列及反响条件见表2。

   表2 微卫星引物序列及退火条件

  

 

  

 

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

 

  

  

  

  

  

  

 

   微卫星位点

   Microsatellite

  

 

   引物序列(5’-3’)

   Primer sequence (5’-3’)

  

 

   退火温度

   Annealing temperature ℃

  

 

   AHT4

  

 

   AAC CGC CTG AGC AAG GAA GT

  

 

   64.0

  

 

   HTG6

  

 

   CCT GCT TGG AGG CTG TGA TAA GAT

  

 

   60.0

  

 

   HTG7

  

 

   CCT GAA GCA GAA CAT CCC TCC TTG

  

 

   65.5

  

 

   HTG10

  

 

   CAA TTC CCG CCC CAC CCC CGG CA

  

 

   58.8

  

 

   HMS3

  

 

   CCA ACT CTT TGT CAC ATA ACA AGA

  

 

   58.0

  

 

   HMS5

  

 

   TAG TGT ATC CGT CAG AGT TCA AA

  

 

   62.0

  

 

   HMS6

  

 

   CAA GCT GCC AGT ATT CAA CCA TTG

  

 

   64.3

  

 

   HMS7

  

 

   CAG GAAACT CAT GTT GAT ACC ATC

  

 

   57.0

  

 

   HMS1

  

 

   CAT TCT TCA TGT CTG CTT GG

  

 

   56.0

  

 

   HTG4

  

 

   CTA TCT CAG TCT TGA TTG CAG GAC

  

 

   60.0

  

 

   VHL20

  

 

   CAA GTC CTC TTA CTT GAA GAC TAG

  

 

   61.0

  

 

   ASB2

  

 

   CCA TTC CCG CCC CAC CCC CGG CA

  

 

   58.0

  

 

   HMS2

  

 

   CTT GCA GTC GAA TGT GTA TTA AAT G

  

 

   57.0

  

 

   HTG15

  

 

   TCC TGA TGG CAG AGC CAG GAT TTG

  

 

   58.5

  

 

   AHT5

  

 

   ACG GAC ACA TCC CTG CCT GC

  

 

   60.0

  

 

   1.3 PCR反响体系及反响程序

   12.5 µL PCR反响体系为:10×buffer 1.5 µL(鼎国公司出产,含Mg2+),2.5 mmol/L dNTPs 0.75 µL,10 nmol/L引物0.25 µL,0.5 U/µL Taq DNA polymerase 1 µL,100 ng/µL DNA模板1.0 µL,剩下的体积用水补足。PCR反响程序为:95 ℃预变性5 min;94 ℃ 30 s,X ℃ 30 s(X因座位而异),72 ℃ 45 s,36个循环;72 ℃10 min,4 ℃保存。

   1.4 PCR产品的电泳检测和基因型的断定

   先用1.5% 琼脂糖检测PCR扩增产品,再使用8% 的非变性聚丙烯酰胺作笔直电泳,用quantity one体系进行照相,并用该体系自带软件作微卫星等位基因巨细剖。